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1、樣本間交叉污染
主要是在采（取）樣的過程中，由于取樣工具之間的交叉造成污染；或者在核酸提取的過程中，由于移液器、離心管等使用不當導致的污染。
2、PCR試劑污染
主要是在 PCR 組分試劑加樣過程中，由于移液器、容器、陰性對照及其它試劑被核酸模板或陽性對照污染。
3、PCR擴增產物污染
這是 PCR 反應中*主要*常見的污染問題。因為 PCR 產物拷貝量大，遠遠高于 PCR 檢測數(shù)個拷貝的極限，所以極微量的 PCR 產物污染，就可形成假陽性。
還有一種容易被忽視的污染，是能造成PCR產物污染形式的氣溶膠污染，而氣溶膠造成的污染是一個值得特別重視的問題。
4、克隆質粒污染
在實驗操作中會經(jīng)常用到陽性參考品，這些參考品大多數(shù)是由某些克隆質粒制作而成的，質粒在單位容積內濃度高，不小心使用極易造成污染。
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